臨床接軌
鑑於生醫工程相關系所近年在國內大專院校的數量與日俱增，該研究領域之競爭也越發激烈。本所除了致力發展本校擅長的電資領域技術，更進一步涉略其他新穎技術(微流道技術、奈米粒子…等等)，擴張在生醫領域研究版圖，並藉此發展出獨特之處。
生醫工程為一跨領域學門，合作對象除了一般生醫相關企業外，還包含醫療機構，因此本所教師在除了一般的產學合作外，發展出實驗室與醫院合作之關係，即是所謂的臨床合作，此模式可將尚未在業界發展的新創技術，直接面對臨床環境，推動生醫產業發展，同時帶來更多新穎的研究成果並從中獲取研發經驗，力求開發出生物醫學實用之產品。
因此，本所教師與各大醫院均有實質合作經歷：
本所林顯豐教授：
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與台大新竹分院合作研究結合光遺傳學和光學映射方法於心室心律不整、探討全身性發炎反應與風濕性關節炎患者其心因性猝死
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與馬偕醫院合作研發人工智慧輔助HFpEF 超音波影像判讀
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與榮總醫院合作研究心臟電生理的光遺傳學干預、光學和磁干預的非侵入性心臟刺激
本所蔡德明教授：
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和馬偕醫院合作研究考量磁共振影像和電腦斷層影像與電誘發復合動作電位的個人化人工耳蝸電腦模型
本所許鉦宗教授：
本所陳冠宇教授：
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和馬偕醫院合作研究整合微流道和奈米介面系統之外泌體分選及miRNA分析方法、奈米磁性調控離子通道及自噬反應之癌症治療、新穎之單域抗體奈米技術於類風濕性關節炎之治療、癌症之智慧診斷開發-從液體活檢到深度學習
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和長庚醫院合作氧化石墨烯奈米平台進行循環腫瘤細胞與循環腫瘤團塊分離後進行微量細胞基因分析結果與臨床之關聯性研究
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和台大新竹分院合作開發運用酵素標定法及奈米科技研發非侵入法早期診斷疥瘡、人工智慧系統輔助指甲乾癬嚴重分級評估
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和榮總醫院合作開發運用奈米磁性技術調控心肌細胞之鈣離子流研究
本所陳榮治教授：
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和台大醫院共同研究以電化學技術探討淚液中類澱粉蛋白含量
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和馬偕醫院合作研發以生醫動態感測技術平台進行癌症標靶與免疫療法之有效性評估、整合式光纖顯微造影系統、生物電化學技術建構細胞生長即時感測系統、整合式光纖顯微造影系統
本所莊競程教授：
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和台大新竹分院合作開發紅外光遺傳學在心肌細胞之應用、以超音波彈性造影及近紅外光譜光學檢測研究肌肉失養症病童之肌肉病生理
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和馬偕醫院合作研究以生物電化學技術建構細胞生長即時感測系統、整合式光纖顯微造影系統
本所李博仁教授：
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和台大醫院合作開發以螺旋式微流道進行物理性攫取小細胞肺癌細胞、微流道與磁性鎳奈米粒子提升小細胞肺癌檢測之研究、以鎳奈米磁性粒子建構高敏感度快速的肺癌循環核酸生物偵測系統
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和馬偕醫院合作開發整合石英微天平與磁性奈米粒子提升鮑氏不動桿菌檢測之研究
產業合作
本所教師於產學合作研究計畫上，亦有相當的成就表現。本所教師與各大企業和機構均有實質合作經歷：
本所林顯豐教授：
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和麗臺科技合作開發穿戴式長期血壓監控裝置
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和星協系統科技及虹映科技合作開發智慧型錐形杯上肢復健儀
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和氣宗合作開發生物電刺激共振設備
本所李博仁教授：
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和好孕行生醫合作開發癌症檢測晶片、高品質精蟲分選裝置、生殖晶片
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和博醫合作開發微流道精蟲篩選晶片
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和工研院合作研究生物感測辨識系統及基板電極設計相關性
本所陳冠宇教授：
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和農委會合作開發人體類器官晶片並整合高通量和智慧醫療
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和環保署合作開發新型之細懸浮微粒與健康評估模型
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和國衛院合作開發結合個人化器官晶片及細胞標定技術於慢性阻塞性肺疾病
本所林子恩教授：
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和有肌肉股份有限公司合作研究表面肌電訊號-乾電極開發
臨床接軌與產業合作